Перейти к содержимому
ТІКЖ AP13068032

Эхокардиография және электрокардиография негізінде жүрек-қан тамырлары жүйесі патологияларын болжауға арналған машиналық оқыту әдістері мен алгоритмдерін әзірлеу

Ғылыми жетекші PhD, қауымдастырылған проф. Рахметулаева С.Б.
ssrakhmetulayeva@gmail.com
Бағдарлама Жас ғалымдарды гранттық қаржыландыру, 2022–2024
Шарт 2022 жылғы 20.05 күнгі №103-КМУ3 шарты
Жобаны қаржыландыру 74,9 млн тг
Басым бағыт Ақпараттық, коммуникациялық және ғарыштық технологиялар

МАҚСАТЫ

Жобаның мақсаты

CNN алгоритмін қолдана отырып, суреттердің аномалиялары мен жүректің физикалық жағдайының мүмкін болатын ең үлкен жиынтығын анықтау үшін жиналған таңбаланған деректер негізінде ЭхоКГ мен ЭКГ-ны автоматты түрде аннотациялау және шифрын ашу әдістерін әзірлеу. CNN алгоритмінің көмегімен кескін артефактілерін автотүзету мүмкіндігі бар ЭхоКГ суреті мен ЭКГ деректеріне сапалы баға беруді әзірлеу.

ЖОБА ТУРАЛЫ

Аннотация

Жүрек-қан тамырлары патологияларына халықтың ең перспективалы және еңбекке қабілетті бөлігі көбірек ұшырайды. Осы себепті науқастар мен қайтыс болғандардың ең көп саны 35 пен 65 жас аралығындағы халыққа тиесілі. Қазақстанда жүрек-қан тамырлары ауруларынан (ЖҚА) келетін жыл сайынғы шығын орта есеппен шамаман 89 миллиард теңгені құрайды, деп атап өтеді Қазақстан Республикасы Денсаулық сақтау министрлігінің (ҚР ДСМ) мамандары. Жүрек аномалияларын диагностикалаудың ең тиімді және кең таралған тәсілі эхокардиография (ЭхоКГ, жүрек УДЗ) және электрокардиография (ЭКГ) болып табылады. Тәжірибеге ЭхоКГ және ЭКГ әдістерін кеңінен енгізу заманауи аппаратураның жоғары деңгейімен, пациент пен дәрігерге зиянды әсердің болмауымен, МСКТ (Мультиспиральды компьютерлік томография) және КТ (Компьютерлік томография) әдістерімен салыстырғанда әдістің салыстырмалы түрде арзан болуымен түсіндіріледі. ЭхоКГ және ЭКГ зерттеу нұсқаларының көп болуы науқас туралы дәл анатомиялық және гемодинамикалық ақпарат алуға және инвазивті араласулардан аулақ болуға мүмкіндік береді. Эхокардиография мен электрокардиографияның кемшілігі зерттеушінің біліктілігіне айтарлықтай тәуелділігі болып табылады. Жүректі ультрадыбыстық диагностикалаумен айналысатын маман кардиолог болуы, көкірек қуысының топографиялық анатомиясын, жүректің гемодинамикасын жетιδі білуі, кеңістіктік ойлау қабілеті болуы тиіс. Зерттеушіде осы қасиеттердің біerеуі болмаған жағдайда диагностика қателерінің пайызы күрт артады. Дәл ЭхоКГ мен ЭКГ-ға қол жеткізу жолындағы жоғарыда аталған кедергілерді шешу жолдарының бірі машиналық оқыту (ML) әдістері мен терең сызықтық нейрондық желілерді пайдалану болып табылады. Нейрондық желілер кескіндерді жіктеу, тіркеу және автотүзету мәселелері үшін көшбасшы әдістер болып табылады. Кескіндерді бағалау және аннотациялаудың негізгі әдісі ретінде классикалық ML әдістерімен комбинацияда нейрондық желілерді пайдалана отырып, біз эхокардиография мен электрокардиографияның шифрын ашу кезінде дәрігерлік және аппараттық қателіктерді азайтатын жүйені әзірлеуді ұсынамыз.

Жоба міндеттері

  • Кардиология мамандарын тарта отырып, ЭхоКГ суреттері мен ЭКГ деректерін толықтыру және визуализациялау үшін машиналық оқытудың қолданыстағы әдістері мен алгоритмдеріне эксперименталды салыстыру жүргізу және жүрек-қан тамырлары ауруларын диагностикалау үшін қолданылуын зерттеу.
  • Қалыпты және патологиялық жағдайлардың эхокардиографиясы мен электрокардиографиясының теңдестірілген оқыту және тестілеу деректері жиынтығын жинау, қалыптастыру және мамондардың аннотациялары мен қорытындылары бар (артефактілерсіз суреттерді қоса алғанда) етіп таңбалау.
  • Жиналған таңбаланған деректер негізінде эхокардиограммалар мен электрокардиограммаларды автоматты түрде аннотациялау және шифрын ашу әдістерін әзірлеу, бұл суреттің және/немесе жүректің физикалық жағдайының мүмкін болатын ең үлкен аномалиялар жиынтығын анықтауға мүмкіндік береді.
  • Кескін артефактілерін автотүзету мүмкіндігі бар ЭхоКГ суреті мен ЭКГ деректеріне сапалы баға беру әдістерін әзірлеу.
  • “Түсіндірмелі ИИ” (explainable AI) әдістерін әзірлеу және апробациялау. Суреттерден аномалия анықталған кезде алгоритмдер анықталған жағдайдың не себепті аномалия болып табылатынына және суреттің/түсірілімнің қай белгілері осы жағдайдың көрсеткіші болып табылатынына толық түсіндірме беруі тиіс.
  • Жасанды нейрондық желі блогының негізі ретінде ML моделі құрылымының нұсқасын негізделген түрде таңдау мақсатында ML моделінің эксперименталды зерттеулерін автоматтандырудың мамандандырылған алгоритмдерін әзірлеу, сондай-ақ медициналық деректердің ерекшелігін ескере отырып, модельдің таңдалған құрылымдары үшін модельдің жасырын қабаттарының оңтайлы нейрондар санын анықтау.
  • Әзірленген ML модельдері мен өңдеу және бағалау жүйесі кешеніне эксперименталды зерттеулер жүргізу және медиктердің диагностикасымен салыстыру арқылы жүрек жұмысын диагностикалау міндетінде жұмыс істеу тиімділігін бағалау.
  • Пайдаланушыларға диагностика жүргізуге қатысты ұсыныстар беру, жазбаларды сақтау және өңдеу, өлшеу нәтижелерін көрсету үшін аппараттық платформамен жұп жұмыс істейтін мобильді қосымшаны әзірлеу.

НӘТИЖЕЛЕР

Ағымдағы нәтижелер

  • Кардиология мамандары үшін жасанды интеллект саласында жүрек-қан тамырлары ауруларын визуализациялау және диагностикалау әдістері мен алгоритмдері зерттелді.
  • Жүрек-қан тамырлары ауруларын визуализациялау және диагностикалау үшін жасанды интеллект тұжырымдамасының қолданылуына талдау жүргізілді.
  • Жүрек-қан тамырлары ауруларын визуализациялау және диагностикалау үшін біріктіру және жіктеу әдістеріне аналитикалық шолу жасалып, топтастырылды.
  • Жасанды интеллект технологияларын қолдана отырып, жүрек-қан тамырлары ауруларын визуализациялау және диагностикалау үшін негізгі көрсеткіштер жүйесі әзірленді.
  • Жүрек-қан тамырлары ауруларын диагностикалау кезінде машиналық оқыту моделі үшін есептеу және статистикалық алгоритмдер қолданылды.
  • Эхокардиограммалар мен электрокардиограммалар негізінде деректер жиналып, өңделді.
  • Шешім қабылдаудың математикалық модельдері әзірленді және визуализацияланды. Стандартты екі өлшемді (2D) трансторакальды эхокардиография екі өлшемді көлденең қима кескіндерін пайдалана отырып, әртүрлі көзқарастардан бірнеше бейнеклип алуға мүмкіндік береді. Бейнеклиптер әрқашан таңбаланган көріністерді қамти бермеуі мүмкін, сондықтан көріністі анықтау жасанды интеллект қолданбаларындағы маңызды процесс болып табылады. Бұл қадам терең нейрондық желіні оқыту және автоматтандырылған өлшеулер мен кескіндерді интерпретациялау жүргізер алдында қажет. Эхокардиографияны дәл бағалау үшін перспективаны дұрыс таңдау қажет. Сонымен қатар, терең оқыту алгоритмдерін оқыту үшін едәуір мөлшерде аннотацияланған деректер қажет екенін ескере отырып, осы күрделі міндетті шешуге қабілетті көріністі анықтау алгоритмінің болуы маңызды. Алдын ала өңдеу кезеңі эхокардиографиядағы жасанды интеллект қолданбаларының дамуын жылдамдатады деп күтілуде.

re 1. Data pre-processing and labeling (a - echocardiographic video files; b - .png files; c - data labeling обработка и маркировка d - labeling process)

деректерді (a — эхокардиография видеофайлдары; b — .png файлдары; c — деректерді таңбалау құралы; d — таңбалау процесі)

Деректерді алдын ала өңдеу келесі қадамдардан тұрады: 1. Эхокардиография видеофайлдары (.avi форматында). 2. Эхо-видеофайлды жеке .png файлдарына фрагментациялау (модельді оқытудың таңбалау және әрі қарайғы процесі үшін қолданылады).

таңбалау процесіне дайын.

Сегментация міндеті үшін деректерді разметкалау келесі қадамдардан тұрады: 1. https://segments.ai/ — деректерді разметкалау құралы. Деректерді әрі қарай таңбалау процесі үшін алдыңғы қадамнан алынған кескіндерді segments.ai құралына жүктеу. 2. Таңбалау процесінің соңында модельді оқыту процесі үшін пайдалану мақсатында өңделген деректерді шығаруымыз қажет. Segments.ai жаңа деректер жиынтығын шығару үшін қолдануға оңай интерфейсті ұсынады. Қалыпты анатомиясы бар эхокардиография кезінде әрбір стандартты проекция жүрек камераларының нақты құрылымына ие болады. Демек, аннотацияларды олардың бірегей камераларын қоса алғанда, барлық стандартты түрлер үшін орындау қажет. Жүректің 4 камералы проекциясының стандартты түрі келесі белгілеулерді қамтиды: қолқа (Ao), сол жақ жүрекше (LA), сол жақ қарынша (LV), оң жақ жүрекше (RA) және оң жақ қарынша (RV), жүрекшеаралық перденің ақауы (ЖПД), қарыншааралық перденің ақауы (ҚАП), үш жармалы қақпақша (ТК), митральді қақпақша (МК) және қолқа стенозы (АС).

Аннотацияланған кескіндер жүрекшедегі, қарыншадағы немесе екеуінде де ақаудың орналасқан жері туралы көрнекі көрініс береді. Нәтижесінде тегтері бар 401 фотосуреттің барлық жиынтығы таңбаланған аймақтары бар деректер базасы ретінде анықталады және кейіннен келесі статистикалық ақпаратпен бірге сақталады. Осылайша, дәрігерлер 401 кескінге разметка жасады.

Кескіндерді таңбалау процедурасына қатысу үшін кәсіби сарапшылар таңдалды: кардиохирургия саласында жұмыс тәжірибесі бар «Медитерра» жеке медициналық орталығының жоғары санатты дәрігері және Кардиохирургия ғылыми-зерттеу институтының жоғары санатты кардиолог-дәрігері, бұл медициналық кескіндер аннотацияларының кәсібилігі мен дәлдігінің ең жоғары деңгейіне кепілдік береді және оңтайлы нәтижелерге қол жеткізу үшін шешуші мәнге ие. Сондай-ақ жоба аясында адамдармен байланысты зерттеулер жүргізу үшін Этикалық комитеттен рұқсат алынды («ІГФ» РМК Локалдық этикалық комиссиясы отырысының 2023 жылғы 30 қазандағы №3 хаттамасынан үзінді көшірме)

ЕНДІРУ

Коммерцияландыру және тәжірибе жүзінде қолдану

Бұл жоба одан әрі коммерцияландыруға жатады.

ЖАРИЯЛАНЫМДАР

Жарияланымдар тізімі

  1. Mukasheva, A., Rakhmetulayeva, S., Astaubayeva, G., & Gnatyuk, S. (2022). Developing a system for diagnosing diabetes mellitus using big data. Eastern-European Journal of Enterprise Technologies, 5(2), 75–85. https://doi.org/10.15587/1729-4061.2022.266185
  2. Rakhmetulayeva, S., & Syrymbet, Z. (2022). Implementation of convolutional neural network for predicting glaucoma from fundus images. Eastern-European Journal of Enterprise Technologies, 6(2), 70–77. https://doi.org/10.15587/1729-4061.2022.269229
  3. Rakhmetulayeva, S. B., Kulbayeva, A. K., & Mukasheva, A. K. (2022). Development of electronic medical records system with data security algorithm in healthcare environment of Kazakhstan. Вестник Алматинского Университета Энергетики и Связи. ISSN 2790-0886.
  4. Мукашева, А. (2022). Деректерді өңдеу және талдау. Вестник Алматинского Университета Энергетики И Связи (Монография), Алматы, Казахстан.
  5. Rakhmetulayeva, S. B., Ukibassov, B. M., Zhanabekov, Zh. O., & Mukasheva, A. K. (2023). Research on machine learning methods for recognition and classification of cardiovascular pathologies. Вестник Алматинского Университета Энергетики и Связи, DOI: 10.51775/2790-0886_2023_61_2_106
  6. Rakhmetulayeva, S., Ukibassov, B., Zhanabekov, Z., & Mukasheva, A. (2023). Machine learning methods and algorithms for predicting congenital heart pathologies. In Proceedings of the 17th IEEE International Conference Application of Information and Communication Technologies (AICT). IEEE. https://doi.org/10.1109/AICT59525.2023.10313184
  7. Ukibassov, B. M., Rakhmetulayeva, S. B., Zhanabekov, Zh. O., Bolshibayeva, A. K., & Yasar, A.-U.-H. (2024). Implementation of anatomy constrained contrastive learning for heart chamber segmentation. Procedia Computer Science, 238, 536–543. https://doi.org/10.1016/j.procs.2024.06.057
  8. Ukibassov, B. M., Rakhmetulayeva, S. B., & Bolshibayeva, A. K. (2024). Semantic segmentation deep learning models in echocardiography: Custom dataset-based fine-tuning. Абай атындағы ҚазҰПУ-нің ХАБАРШЫСЫ, «Физика-математика ғылымдары» сериясы, 1(85), 149–155. https://doi.org/10.51889/2959-5894.2024.85.1.014
  9. Rakhmetulayeva, S., Ukibassov, B., Zhanabekov, Z., & Bolshibayeva, A. (2024). Development of data-efficient training techniques for detection and segmentation models in atrial septum defect analysis. Eastern-European Journal of Enterprise Technologies, 5(131). In press.
  10. Bolshibayeva, A., Rakhmetulayeva, S., Ukibassov, B., & Zhanabekov, Z. (2024). Advancing real-time ultrasound heart imaging with a novel hybrid deep learning architecture for enhanced pattern recognition. Eastern-European Journal of Enterprise Technologies, 6(132).
  11. Rakhmetulayeva, S. B. (2024). Development of methods and algorithms for machine learning for predicting pathologies of the cardiovascular system based on echocardiography and electrocardiography. BALAUSA print. (Монография) ISBN 978-601-08-4538-1.
  12. Sabina Rakhmetulayeva, Zhandos Zhanabekov, Aigerim Bolshibayeva, Evaluation of Modern Generative Networks for EchoCG Image Generation, Computers, Materials and Continua, Volume 81, Issue 3, 2024, Pages 4503-4523, ISSN 1546-2218, https://doi.org/10.32604/cmc.2024.057974

ЗИЯТКЕРЛІК МЕНШІК

Қорғау құжаттары

  1. Пайдалы модельге патент № 9825 «Жүрекшеаралық перденің ақауын диагностикалау тәсілі»
  2. Пайдалы модельге патент «Жүрек-қан тамырлары жүйесі патологияларын анықтау жүйесі»
  3. Авторлық құқық «Эхокардиография негізінде туа біткен жүрек ақауларын анықтауға арналған мобильді қосымша»

КОМАНДА

Зерттеу тобының құрамы

Жанабеков Жандос Омарович, магистр

ХАТУ АҚ, сениор-лектор, докторант

Scopus ID: 57422410600
ORCID: 0000-0001-5984-7132

Үкібасов Баубек Мұратұлы, магистр

ХАТУ АҚ, сениор-лектор, докторант

Scopus ID: 58759292400
ORCID: 0000-0002-0439-0187

Байжигитов Нурлан Болатович

MEDITERRA көпсалалы диагностикалық және емдеу орталығы, кардиохирург

Google Scholar

Мукашева Асель Коптлеувна, PhD

Ғ. Дәукеев атындағы АУЖЭУ КЕАҚ, қауымдастырылған профессор

Scopus ID: 57198816714
Google Scholar
ORCID: 0000-0001-9890-4910

Рахметулаева Эльвира Батырхановна

ШЖҚ КМК Қалалық кардиологиялық орталығы, кардиолог дәрігер

Бегзатқызы Ырысгул

ХАТУ АҚ, бухгалтер

IT жолын бастауға дайынсың ба?

IITU-дің озық білім беру бағдарламалары, қабылдау талаптары туралы көбірек біліп, құжаттарды тапсыру процесін бүгіннен бастаңыз.

Көру қабілеті нашар адамдарға арналған сайт нұсқасы